Prvním známým členem tohoto původně kupeckého rodu byl Oldřich z Eggenbergu, v roce 1432 sudí ve Štýrském Hradci. Vrcholným představitelem byl pak Jan Oldřich z Eggenbergu, loajální rádce a důvěrník císaře Ferdinanda II. Za prokázané služby obdržel od císaře panství Český Krumlov, Netolice a Prachatice, později k eggenberskému panství přibyl ještě Zvíkov, Orlík či Vimperk. Krumlovské panství bylo povýšeno na knížectví s titulem vévodským a potomci Jana Oldřicha razili i své vlastní mince. V Českém Krumlově však trvale sídlil až jeho vnuk Jan Kristián I. z Eggenbergu, který se svou manželkou Marií Arnoštkou ze Schwarzenbergu přestavěl zámek v moderní rezidenci, byl mecenášem umění a nechal vybudovat zámecké barokní divadlo. V roce 1717 rod nečekaně knížetem Janem Kristiánem II. vymřel po meči a o dva roky později, po smrti vévodkyně Marie Arnoštky z Eggenbergu, zdědili jihočeská panství Schwarzenbergové.